El primero fue por su presunta participación en el delito de delincuencia organizada en su modalidad de delitos contra la salud, mientras que a los otros dos fue también por la desaparición forzada de los 43 estudiantes normalistas de Ayotzinapa.

Enrique Beltrán Santes, Juez Segundo de Distrito de Procesos Penales Federales en el Estado de México, fue quien tomó la decisión de dejar preso a José Rodríguez Pérez, quien tenía a su mando el 27 Batallón de Infantería de Iguala, Guerrero, en 2014, año en el que desaparecieron los 43 normalistas de Ayotzinapa. También emitió la misma medida para el Capitán José Martínez Crespo y el Sargento Eduardo Mota Esquivel.

Apenas el pasado 15 de septiembre, Ricardo Mejía Berdeja, Subsecretario de Seguridad Pública y Protección Ciudadana, reveló que ya se habían ejecutado tres de las cuatro órdenes de aprehensión que se libraron en contra de elementos del Ejército mexicano por el caso Ayotzinapa. Entre los aprehendidos, confirmó, se encontraba el General Rodríguez Pérez, quien era el Comandante del 27 Batallón de Infantería en Iguala cuando ocurrió la desaparición de los 43 normalistas en septiembre de 2014.

Ni la FGR ni la Secretaría de la Defensa (Sedena) han informado en qué condiciones se dio este arresto del General, señalado como participante de los eventos funestos contra los estudiantes en el ataque en el que participaron distintas autoridades y grupos criminales entre la noche del 26 y la madrugada del 27 de septiembre de 2014. Algunos medios dicen que José Rodríguez Pérez se habría entregado un día antes a las autoridades en la Ciudad de México y que posteriormente fue llevado a la prisión militar.