En el contexto político figuraba el surgimiento del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN) el 1º de enero de ese año y se criticaba la entrada en vigor del Tratado de Libre Comercio con Estados Unidos y Canadá. La candidatura priísta no crecía, por lo que se especulaba sobre la posibilidad de cambiar al candidato y se mencionó que el sustituto podría ser Manuel Camacho Solís, el único aspirante que cumplía los requisitos de elegibilidad al haber renunciado a su cargo a tiempo para competir.

El atentado

A las 17:05 (hora local), un joven de 23 años, Mario Aburto Martínez, se abrió paso entre la multitud que rodeaba al candidato luego de que éste concluyó su discurso y caminó entre los asistentes al mitin en Lomas Taurinas, una de las colonias más pobres de esa ciudad fronteriza.

Aburto logró acercarse a Colosio, quien recorría el suelo agreste de la zona. Burló el cercó de seguridad del candidato y de entre sus ropas sacó una pistola Taurus calibre .38, la colocó en la cabeza del abanderado priísta y abrió fuego. El tiro provocó la muerte cerebral instantánea del abanderado tricolor. Luis Donaldo recibió un tiro más en el abdomen cuando caía al piso.

Tras los disparos, algunos escoltas y asistentes se lanzaron contra Mario Aburto. Unos lo sujetaron, mientras otros lo golpeaban.

El cuerpo del candidato fue trasladado al hospital general de Tijuana, donde oficialmente se le declaró muerto cuatro horas después del atentado.

El homicidio enturbió aún más el panorama político nacional, ya que con el surgimiento del EZLN se decía que existía la posibilidad de sustituir al candidato por Manuel Camacho Solís, canciller y luego comisionado para la paz en Chiapas.

Parte de las teorías en torno a un complot político desde las más altas esferas del poder comenzaron semanas antes del mitin en Lomas Taurinas. El 6 de marzo, en el Monumento a la Revolución, durante la conmemoración del 65 aniversario del PRI, Luis Donaldo Colosio pronunció un discurso que fue interpretado como un rompimiento con el gobierno de Carlos Salinas.

Colosio expresó en esa ocasión: Yo veo un México con hambre y con sed de justicia. Un México de gente agraviada, de gente agraviada por las distorsiones que imponen a la ley quienes deberían de servirla. De mujeres y hombres afligidos por abuso de las autoridades o por la arrogancia de las oficinas gubernamentales.

Apenas unas horas después del homicidio surgieron las contradicciones en cuanto al número de tiradores, el trabajo del equipo de seguridad del candidato y su lealtad al mismo.

También se manejó la presunta sustitución del homicida y se llegó a señalar que el ataque fue obra de José Antonio Sánchez Ortega, agente del Centro de Investigación y Seguridad Nacional (Cisen), y no de Mario Aburto.

La madrugada del 24 de marzo, Diego Valadés, entonces titular de la Procuraduría General de la República (PGR), aseguró que se trataba de un asesino solitario.

La PGR creó una fiscalía especial y el presidente Salinas designó al jurista Miguel Montes como su titular. Sus primeras consideraciones fueron que se trató de un hecho en el que participaron varias personas, pero reculó y señaló que Aburto Martínez fue el autor material del homicidio. Ello motivó críticas a su trabajo, entre ellas las de Diana Laura Riojas, esposa de Colosio, lo que llevó a su cese.

La investigación cambió de fiscal y se nombró a Olga Islas de González Mariscal, quien inició su gestión con 35 líneas de investigación y en diciembre de 1994 la concluyó sin avances ni señalar si fue acción concertada o de un asesino único.

Meses después el caso dio un vuelco. La Presidencia de la República era ocupada por Ernesto Zedillo y la PGR estaba por primera vez en manos de un panista, Antonio Lozano Gracia. El fiscal del caso en ese momento, Pablo Chapa Bezanilla, aseguró que el homicidio había sido un complot en el que participaron varias personas y que en el momento del ataque a Colosio actuaron dos tiradores. Aburto disparó a la cabeza, y otro sujeto, al abdomen.

El 14 de febrero de 1995, personal de la PGR detuvo a Othón Cortés, quien el día del atentado era parte del personal de logística para el PRI en Tijuana. Cortés fue torturado y ello le causó lesiones permanentes. Pasó dos años y medio en prisión.

Con la teoría de la acción concertada, Chapa Bezanilla realizó otras detenciones. Acusó como cómplices de Aburto a integrantes del equipo de seguridad contratado por el PRI de Baja California: Tranquilino Sánchez Venegas, Vicente Mayoral Valenzuela, Rodolfo Mayoral Esquer y José Rodolfo Rivapalacio Tinajero. También investigó al general Domiro García Reyes, integrante del Estado Mayor Presidencial y encargado de la seguridad de Colosio Murrieta. En ningún caso el Ministerio Público Federal pudo acreditarles responsabilidad.

En ese mes llegó el último fiscal especial, Luis Raúl González Pérez. Para marzo de 2000, el actual presidente de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) declaró a La Jornada que durante su gestión de más de 42 meses se analizaron 20 mil 468 fojas de averiguaciones anteriores a su llegada; se integró un expediente de más de 65 mil fojas; se interrogó a 120 personajes políticos de primer nivel, incluidos los ex presidentes Carlos Salinas de Gortari y Ernesto Zedillo; se siguió la pista de más de 300 situaciones, personas y circunstancias sospechosas; se trazaron 27 líneas de investigación, y se concluyó que no hubo sustitución de Mario Aburto y que la muerte de 15 policías que participaron en las primeras averiguaciones no tuvieron relación con el caso.

El expediente sigue en reserva por si algún día el Ministerio Público encuentra nuevos elementos. Mario Aburto purga una condena de 45 años de prisión, y en una cápsula especial en la Fiscalía General de la República se conservan la chamarra que usó Luis Donaldo Colosio y las dos ojivas que le causaron la muerte el 23 de marzo de 1994.

En 2000 se concluyó que Aburto Martínez fue un asesino solitario y él realizó los dos disparos contra Colosio. Esto es, sigue vigente la hipótesis que lanzó Valadés unas horas después del crimen.